В основе собрания экспозиционно-фондового отдела «Усадьба Измайлово» - памятники русского средневекового искусства XI-XVII вв.: коллекции икон, церковной утвари, металла и резного дерева. Кроме этого, в собрание отдела входят как монументальные, так и миниатюрные образцы древнего лицевого шитья, по большей части созданные в монастырских стенах, торжественные церковные одежды и монашеские облачения. Особое место в коллекции занимают памятники русского духовной культуры и искусства, наделенные историко-мемориальным и художественным значением. Например, иконы и утварь, связанные с именами первого русского царя Ивана Грозного и русского политического деятеля Богдана Матвеевича Хитрово. Также отдел хранит иконостас с семейными иконами царя Алексея Михайловича и келейные иконы, принадлежавшие его дочерям, царевнам Милославским.